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# bedtools
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> Un coltellino svizzero di strumenti per analisi genomica.
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> Usato per intersecare, raggruppare, convertire e contare dati in formato BAM, BED, GFF/GTF, VCF.
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> Maggiori informazioni: <https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/>.
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- Interseca i fili genetici delle sequenze contenute in due file diversi e salva il risultato:
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`bedtools intersect -a {{percorso/al/file_1}} -b {{percorso/al/file_2}} -s > {{percorso/al/file_output}}`
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- Interseca due file unendo il risultato a sinistra, ovvero riporta ogni feature da {{file_1}} e NULL dove non c'è sovrapposizione con {{file_2}}:
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`bedtools intersect -a {{percorso/al/file_1}} -b {{percorso/al/file_2}} -lof > {{percorso/al/file_output}}`
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- Usa un algoritmo più efficiente per intersecare due file precedentemente ordinati:
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`bedtools intersect -a {{percorso/al/file_1}} -b {{percorso/al/file_2}} -sorted > {{percorso/al/file_output}}`
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- Raggruppa file in base alle prime tre e la quinta colonna e raggruppa la sesta colonna sommandola:
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`bedtools groupby -i {{percorso/al/file}} -c 1-3,5 -g 6 -o sum`
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- Converti da formato BAM a BED:
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`bedtools bamtobed -i {{percorso/al/file}}.bam > {{percorso/al/file}}.bed`
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- Trova per tutte le proprietà in {{file_1}} la più vicina in {{file_2}} e scrivi la loro distanza in una ulteriore colonna (i file in input devono essere ordinati):
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`bedtools closest -a {{percorso/al/file_1}}.bed -b {{percorso/al/file_2}}.bed -d`
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